Il Museo Archeologico del Finale svolge attività di ricerca e studio in ambito archeologico e naturalistico. È dotato di laboratori di restauro delle varie materie prime in collegamento con la Soprintendenza per i Beni Archeologici della Liguria, di riproduzione grafica e fotografica, di analisi dell'industria litica e ceramica, di sedimenti e di micro-macroresti archeobotanici, di inventariazione e schedatura informatizzata.

Dispone, inoltre, di un moderno e capiente deposito per i materiali che non vengono presentati al pubblico (alcune decine di migliaia), opportunamente disposti per la visione e lo studio da parte di specialisti. Il Museo partecipa attivamente alla pubblicazione di ricerche e collabora a livello scientifico con Università italiane e straniere e numerose Soprintendenze per i Beni Archeologici italiane; stampa il periodico "Quaderni del Museo Archeologico del Finale" (già "Quaderni del Civico Museo del Finale").

L'attività di ricerca del Museo è sostenuta da numerosi collaboratori volontari che partecipano con impegno ed entusiasmo dallo scavo archeologico, alla catalogazione e allo studio dei reperti.